Tenchu: Dark Secret nos pone en el lugar de un ninja que lucha por sofocar un levantamiento en contra de su clan y defender, al mismo tiempo, la vida de la princesa. El juego retoma la aventura a partir de los sucesos acaecidos en Tenchu: Birth of the Stealth Assassins. En esta segunda entrega, Rikimaru y Ayame, dos de los mejores ninjas del clan Azuma Shinobi Ryu, son encomendados la tarea de localizar a estos oscuros ninjas, revelar su plan siniestro y encontrar un modo de curar a la princesa.
Tenchu: Dark Secret es un juego de acción diferente, ya que elimina los sistemas normales de combate, en favor de la discreción y la táctica. El juego pronto separa al imprudente del astuto; aquellos que se precipitan hacia el peligro se ven rápidamente aplacados por la fuerza del enemigo. Se trata de un juego de sigilo. La pantalla superior de la DS nos muestra la acción del juego desde un plano aéreo, así como un medidor de visibilidad, que permite a los jugadores conocer hasta qué punto son visibles para sus enemigos.
